一、職能調(diào)整
　　（一）劃入的職能
　　１．撤銷(xiāo)國(guó)家口岸辦公室，將其口岸規(guī)劃、審理等職能交給海關(guān)總署承擔(dān)。
　　２．撤銷(xiāo)全國(guó)打擊走私領(lǐng)導(dǎo)小組，其職能交給海關(guān)總署承擔(dān)，由海關(guān)總署統(tǒng)一負(fù)責(zé)打擊走私工作。
　　３．將原由對(duì)外貿(mào)易經(jīng)濟(jì)合作部負(fù)責(zé)的出口商品原產(chǎn)地規(guī)則協(xié)調(diào)管理職能，交給海關(guān)總署承擔(dān)。
　　４．將原由國(guó)務(wù)院關(guān)稅稅則委員會(huì)負(fù)責(zé)的有關(guān)立法調(diào)查研究工作、稅法起草工作和稅法執(zhí)行過(guò)程中的一般性解釋工作，交給海關(guān)總署承擔(dān)。
　　（二）轉(zhuǎn)變的職能。
　　１．取消原國(guó)家口岸辦公室有關(guān)指導(dǎo)地方口岸管理的職能。
　　２．將海關(guān)車(chē)船、服裝、計(jì)算機(jī)、檢查設(shè)備等裝備的購(gòu)置及建造和實(shí)施教育培訓(xùn)計(jì)劃及機(jī)關(guān)事務(wù)管理職能，交給總署直屬事業(yè)單位承擔(dān)。

　二、主要職責(zé)
　　根據(jù)以上職能調(diào)整，海關(guān)總署的主要職責(zé)是：
　　（一）研究擬定海關(guān)工作的方針、政策、法律、法規(guī)和發(fā)展規(guī)劃并組織實(shí)施和監(jiān)督檢查。
　　（二）研究擬定關(guān)稅征管條例及實(shí)施細(xì)則，組織實(shí)施進(jìn)出口關(guān)稅及其他稅費(fèi)的征收管理，依法執(zhí)行反傾銷(xiāo)、反補(bǔ)貼措施。
　　（三）組織實(shí)施進(jìn)出境運(yùn)輸工具、貨物、行郵物品和其他物品的監(jiān)管，研究擬定加工貿(mào)易、保稅區(qū)、保稅倉(cāng)庫(kù)、保稅工廠及其他保稅業(yè)務(wù)的監(jiān)管制度并組織實(shí)施。
　　（四）研究擬定進(jìn)出口商品分類(lèi)目錄，擬定進(jìn)出口商品原產(chǎn)地規(guī)則，組織實(shí)施知識(shí)產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)。
　　（五）編制國(guó)家進(jìn)出口貿(mào)易統(tǒng)計(jì)，發(fā)布國(guó)家進(jìn)出口貿(mào)易統(tǒng)計(jì)信息。
　　（六）統(tǒng)一負(fù)責(zé)打擊走私工作，組織查處走私案件，組織實(shí)施海關(guān)緝私，負(fù)責(zé)對(duì)走私犯罪案件進(jìn)行偵查、拘留、執(zhí)行逮捕、預(yù)審工作。
　　（七）制定海關(guān)稽查規(guī)章制度，組織實(shí)施海關(guān)稽查。
　　（八）研究擬定口岸對(duì)外開(kāi)放的整體規(guī)劃及口岸規(guī)范的具體措施和辦法，審理口岸開(kāi)放。
　　（九）垂直管理全國(guó)海關(guān)，管理全國(guó)海關(guān)的組織機(jī)構(gòu)、人員編制、工資福利、教育培訓(xùn)及署管干部任免。
　　（十）研究擬定海關(guān)科技發(fā)展規(guī)劃，組織實(shí)施海關(guān)信息化管理，管理全國(guó)海關(guān)經(jīng)費(fèi)、固定資產(chǎn)和基本建設(shè)。
　　（十一）開(kāi)展海關(guān)領(lǐng)域的國(guó)際合作與交流。
　　（十二）承辦國(guó)務(wù)院交辦的其他事項(xiàng)。
　　根據(jù)國(guó)務(wù)院規(guī)定，管理國(guó)家出入境檢查檢疫局。

　三、內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)
　　根據(jù)上述職責(zé)，海關(guān)總署設(shè)１０個(gè)職能司（局、廳）：
　　（一）辦公廳（口岸規(guī)劃辦公室）
　　協(xié)助署領(lǐng)導(dǎo)研究擬定海關(guān)工作的方針政策和發(fā)展規(guī)劃，組織政策研究；負(fù)責(zé)綜合情況、審定文稿、溝通信息、組織會(huì)議、新聞宣傳、辦公自動(dòng)化、督查督辦和文書(shū)檔案管理；研究提出各類(lèi)對(duì)外開(kāi)放口岸的整體規(guī)劃及口岸通關(guān)中各有關(guān)部門(mén)的工作關(guān)系。
　　（二）政策法規(guī)司
　　研究擬定海關(guān)法律、法規(guī)及實(shí)施辦法；研究擬定各類(lèi)進(jìn)出口管制政策的海關(guān)監(jiān)管規(guī)章和進(jìn)出口商品分類(lèi)目錄并組織實(shí)施；指導(dǎo)、審理行政復(fù)議，指導(dǎo)行政應(yīng)訴工作；受理知識(shí)產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)備案申請(qǐng)，組織實(shí)施知識(shí)產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)。
　　（三）關(guān)稅征管司
　　研究提出關(guān)稅和進(jìn)口環(huán)節(jié)稅征收管理規(guī)章制度；管理進(jìn)出口貨物完稅價(jià)格審定；組織實(shí)施國(guó)家關(guān)稅和進(jìn)口環(huán)節(jié)稅減免；研究提出對(duì)特定地區(qū)、特殊貿(mào)易方式以及特殊商品的關(guān)稅征管規(guī)定并組織實(shí)施；組織實(shí)施反傾銷(xiāo)、反補(bǔ)貼措施；研究提出加工貿(mào)易、保稅倉(cāng)庫(kù)、保稅工廠海關(guān)監(jiān)管制度并組織實(shí)施；研究提出保稅區(qū)監(jiān)管制度并組織實(shí)施。
　　（四）通關(guān)管理司
　　研究提出海關(guān)通關(guān)作業(yè)及進(jìn)出口貨物通關(guān)管理的規(guī)章制度并組織實(shí)施；管理通關(guān)數(shù)據(jù)，監(jiān)督通關(guān)作業(yè)運(yùn)行；組織實(shí)施信息化管理；研究提出海關(guān)風(fēng)險(xiǎn)管理制度并組織實(shí)施。
　　（五）監(jiān)管司
　　研究提出進(jìn)出境運(yùn)輸工具監(jiān)管的規(guī)章制度并組織實(shí)施；研究提出進(jìn)出境貨物及其相關(guān)港口、場(chǎng)站、倉(cāng)庫(kù)等場(chǎng)所的查驗(yàn)規(guī)范和監(jiān)控制度并組織實(shí)施；組織實(shí)施企業(yè)和人員的海關(guān)注冊(cè)、登記及備案管理；研究提出進(jìn)出境行郵物品、國(guó)家禁止或管制物品的監(jiān)管規(guī)定并組織實(shí)施。
　　（六）綜合統(tǒng)計(jì)司
　　編制管理國(guó)家進(jìn)出口貿(mào)易統(tǒng)計(jì)，開(kāi)展進(jìn)出口貿(mào)易統(tǒng)計(jì)分析，發(fā)布進(jìn)出口貿(mào)易統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)；編制管理海關(guān)業(yè)務(wù)統(tǒng)計(jì)，開(kāi)展海關(guān)業(yè)務(wù)統(tǒng)計(jì)分析；組織協(xié)調(diào)和研究提出進(jìn)出口商品原產(chǎn)地規(guī)則。
　　（七）調(diào)查局（全國(guó)打擊走私綜合治理辦公室）
　　研究提出打擊走私工作方針、政策及海關(guān)稽查、查緝走私違法行為的規(guī)章制度；統(tǒng)一負(fù)責(zé)打擊走私工作，組織查處走私案件，組織管理打擊走私違法行為的情報(bào)工作；審理提出走私、違規(guī)大要案的處理意見(jiàn)，組織大要案、跨關(guān)區(qū)案件的調(diào)查及毒品查緝；組織聯(lián)合緝私行動(dòng)，開(kāi)展國(guó)際反走私合作；組織實(shí)施專(zhuān)項(xiàng)稽查和常規(guī)稽查。
　　（八）國(guó)際合作司
　　負(fù)責(zé)海關(guān)系統(tǒng)的外事工作，開(kāi)展與外國(guó)（地區(qū)）海關(guān)、國(guó)際海關(guān)組織及有關(guān)國(guó)際機(jī)構(gòu)的交流與合作，管理國(guó)際海關(guān)多（雙）邊合作的有關(guān)事宜。
　　（九）人事教育司
　　研究提出海關(guān)人事教育的規(guī)章制度；管理海關(guān)機(jī)構(gòu)設(shè)置、人員編制和工資福利，按規(guī)定權(quán)限管理海關(guān)干部；管理海關(guān)干部在職教育培訓(xùn)、海關(guān)直屬院校和總署機(jī)關(guān)人事工作；負(fù)責(zé)對(duì)外開(kāi)放口岸審理工作。
　　（十）財(cái)務(wù)科技司
　　管理海關(guān)行政經(jīng)費(fèi)；管理海關(guān)稅費(fèi)的收繳入庫(kù)；組織管理海關(guān)財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)、基本建設(shè)和國(guó)有資產(chǎn)；研究提出海關(guān)科技發(fā)展規(guī)劃并組織實(shí)施；組織辦理海關(guān)科技進(jìn)步獎(jiǎng)勵(lì)工作；管理海關(guān)科技裝備、儀器和制服等。
　　機(jī)關(guān)黨委（思想政治工作辦公室）。負(fù)責(zé)總署機(jī)關(guān)及在京直屬單位的黨群工作，負(fù)責(zé)海關(guān)系統(tǒng)的思想政治工作。

　四、人員編制
　　海關(guān)總署機(jī)關(guān)行政編制為２５１名。其中：署長(zhǎng)１名，副署長(zhǎng)４名，正副司（局）長(zhǎng)３８名（含機(jī)關(guān)黨委專(zhuān)職副書(shū)記）。
　　離退休干部工作機(jī)構(gòu)、機(jī)關(guān)后勤服務(wù)機(jī)構(gòu)及人員編制，按有關(guān)規(guī)定另行核定。

　五、其他事項(xiàng)
　　國(guó)務(wù)院決定建立走私犯罪偵查局，設(shè)在海關(guān)總署，受海關(guān)總署與公安部雙重領(lǐng)導(dǎo)、以海關(guān)總署領(lǐng)導(dǎo)為主。有關(guān)該機(jī)構(gòu)的職責(zé)劃分、管理體制等按《國(guó)務(wù)院關(guān)于緝私警察隊(duì)伍設(shè)置方案的批復(fù)》（國(guó)函［１９９８］５３號(hào)）執(zhí)行。其機(jī)構(gòu)的具體設(shè)置和人員編制等問(wèn)題由中編辦商海關(guān)總署及有關(guān)部門(mén)另行確定。