一、主要職責
　　國務院港澳事務辦公室的主要職責是：
　　（一）根據“一國兩制”的原則和中央的有關方針、政策，密切關注和研究香港、澳門的政治、經濟、金融、文化和其他社會動態，為中央制定有關的方針、政策、策略提供情況和建議。
　　（二）統籌、協調中央各部門和各省、自治區、直轄市人民政府與香港特別行政區政府和澳門官方的工作聯系及業務往來，審批或會同審批有關官方往來事項，商定香港特別行政區與內地有關部門和地方之間的各種會晤、合作、互助機制及辦法；對各部門、各地方貫徹執行中央的有關方針、政策情況進行必要的督促檢查。
　　（三）負責與香港特別行政區行政長官和香港特別行政區政府的工作聯系；承辦香港特別行政區行政長官和主要官員的任免事項；安排香港特別行政區行政長官向中央人民政府述職；受理香港特別行政區行政長官和香港特別行政區政府提出的要求，為香港特別行政區政府駐京辦事處提供工作協助等。
　　（四）負責內地因公赴香港、澳門人員的審批，辦理《往來香港特別行政區通行證》，授權并指導各地方人民政府外事辦公室的此項工作；審核副省（部）級以上領導干部訪問香港、澳門的事項等。
　　（五）研究擬定對駐香港、澳門中資機構和向香港、澳門輸出勞務的政策，參與有關機構設置和人員派出的審批及管理工作，參與內地企業和駐香港、澳門中資機構在香港、澳門的重大經營業務的協調工作等。
　　（六）促進和協調內地與香港、澳門在經貿、金融、科技、教育、文化、衛生、體育、旅游等領域的合作與交流。
　　（七）宣傳香港特別行政區基本法和澳門特別行政區基本法以及中央的有關方針、政策，對涉及香港、澳門宣傳的政策性問題提出意見和建議，把握涉及香港、澳門事務的宣傳報道口徑；負責香港、澳門傳媒到內地采訪及交流的審批工作。
　　（八）承辦全國人大常委會和國務院交辦的與香港特別行政區有關的法律事宜；對落實香港特別行政區基本法和澳門特別行政區基本法涉及的有關法律問題提出意見和建議。
　　（九）對中央駐香港、澳門機構提出的有關事宜提供意見、建議和工作協助。
　　（十）統籌、協調與澳門政權交接和平穩過渡有關的各項準備工作；負責澳門特別行政區籌委會的組織工作，承擔澳門特別行政區籌委會秘書處的具體工作。
　　（十一）會同有關部門指導中英、中葡聯合聯絡小組和中葡土地小組的工作。
　　（十二）做好香港、澳門各界人士到內地訪問的有關工作；承辦中央領導同志會見香港、澳門人士的有關事宜。
　　（十三）承辦國務院交辦的其他事項。

　二、內設機構
　　根據以上職責，國務院港澳事務辦公室設５個職能司：
　　（一）秘書行政司（人事司）
　　負責秘書、文書、機要、檔案、信訪、保密、保衛、圖書資料等工作；負責機關財務、房產、基本建設、物資設備等行政管理工作；負責起草綜合性文件，管理駐香港信息組；負責機關人事、勞動工資、機構編制管理工作；承辦機關黨委的日常工作。
　　（二）香港經濟司
　　負責對香港的經濟、金融情況進行調查研究；參與研究擬定促進香港與內地在經濟、金融、貿易、科技、旅游等方面進行合作與交流的具體政策和措施；研究擬定駐香港中資企業和向香港輸出勞務的政策；參與有關機構設置和人員派出的審批和管理工作；參與內地企業和駐香港中資企業在香港的重大經營業務的協調工作；負責因公赴香港經貿人員的審批工作。
　　（三）香港政務司
　　負責對香港的政治、法律情況進行調查研究；負責中央人民政府及中央各部門和各省、自治區、直轄市人民政府與香港特別行政區政府的工作聯系和官方往來事項；審核內地副省（部）級以上干部因公赴香港事項；歸口辦理因公《往來香港特別行政區通行證》的工作；負責香港特別行政區官員到內地訪問、短期培訓等安排；承辦全國人大常委會、國務院交辦的與香港有關的法律事宜；承辦中央駐香港機構提出的有關事宜；承擔中英聯合聯絡小組的有關工作。
　　（四）香港社會文化司
　　負責對香港的社會、文化、輿論等方面的情況進行調查研究；研究、提出加強香港的基層和社團工作的政策措施；研究擬定香港與內地在傳媒、教育、科技、文化、出版、康樂、衛生、宗教和社會福利等方面進行合作與交往的具體政策；負責因公赴香港的教育、科技、文化、宗教等人員的審批工作；研究、處理涉及港臺關系的有關事宜；審批香港傳媒到內地采訪及交流的事項；宣傳香港特別行政區基本法。
　　（五）澳門事務司
　　負責對澳門的情況進行全面的調查研究；參與籌建澳門特別行政區的有關具體事宜；負責澳門特別行政區籌委會秘書處的日常工作；推動澳門特別行政區基本法的宣傳并做好實施的有關工作；審批澳門與內地的官方往來事項；研究提出駐澳門中資企業和向澳門輸出勞務的政策、建議，參與有關機構設置和人員派出審批及管理工作，參與內地企業和駐澳門中資機構在澳門的重大經營業務的協調工作；提出內地和澳門在司法、貿易、旅游、教育、科技、文化等方面合作與交往的具體政策性建議；研究和處理涉及澳臺關系的有關事宜；參與處理中葡聯合聯絡小組和中葡土地小組的有關工作。
　　機關黨委。負責機關和直屬單位的黨群工作，辦事機構設在秘書行政司。

　三、人員編制
　　國務院港澳事務辦公室機關行政編制９５名，在澳門回歸前另設臨時編制３５名。其中：主任１名，副主任２－３名，司局級領導職數１７名（含機關黨委專職副書記）。
　　離退休干部工作機構、機關后勤服務機構的設置、人員編制和領導職數另行核定。